A lo largo de su operación, el CDE MIPYME Región Lempa ha consolidado su papel como un modelo de generación de desarrollo empresarial, gracias a la formación de alianzas estratégicas con actores clave del ecosistema empresarial. Entre sus colaboradores destacan instituciones de renombre como SENPRENDE, SAG-DICTA, la Fundación para la Investigación Participativa con Agricultores de Honduras (FIPAH), el Consejo para el Desarrollo Integral de la Mujer Campesina (CODIMCA), el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD), ONU Mujeres, Heiffer International, la Unión Europea, CARE a través del proyecto PROLEMPA, USAID, la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID), Agencia de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR), Transformando Sistemas de Mercado (TSM) y la Unión Europea. Estas colaboraciones son testimonio del compromiso del centro con el fortalecimiento de las capacidades empresariales y la promoción de una economía inclusiva.